“Thức ăn tự nhiên là thức ăn tốt nhất cho tôm cá nhỏ và tôm cá nuôi thương phẩm”. Nhất là vi tảo và động vật phù du. Khi tôm chưa đủ thời gian thích nghi với thức ăn công nghiệp thì chúng chắc chắn sẽ chọn thức ăn tự nhiên là tảo, động vật phù du nhỏ trong ao. Do đó, có thể nói sự phong phú của cộng đồng sinh vật phù du trong môi trường nước sẽ quyết định phần nào sự tăng trưởng của tôm trong suốt vụ nuôi. Ví như hệ thống biofloc, thức ăn công nghiệp chỉ được dùng ở một mức độ nhất định, trong khi lượng floc được nuôi cấy sẽ vừa là thức ăn và là nhà máy sinh học xử lý môi trường. Dù trong hệ thống nuôi thâm canh, có bổ sung thức ăn công nghiệp thì tôm cá cũng sẽ tìm kiếm nguồn thức ăn tự nhiên do thói quen và tập tính. Do đó, không thể phủ nhận vai trò của vi tảo và hệ thống động vật phù du đối với chế độ ăn hằng ngày của tôm.
Ngoài là thức ăn của tôm, thực vật phù du còn được xem là mắt xích quan trọng trong hệ sinh thái nuôi thủy sản, nhân tố không thể thiếu để duy trì dòng năng lượng và chu kỳ dinh dưỡng. Trong quá trình nuôi, thức ăn dư thừa, phân của tôm và các chất hữu cơ, nhờ vi khuẩn sẽ chuyển hóa thành các chất dinh dưỡng. Và những chất dinh dưỡng này sau đó sẽ được những thực vật phù du trong nước sử dụng, giúp chúng tăng sinh. Đổi lại, những thực vật đó sẽ làm giảm hàm lượng amoniac và nitrat có thể gây ức chế hệ thống miễn dịch của tôm. Thực vật phù du có thể được xem là một nhân tố quản lý môi trường, nhờ vào mật độ của chúng mà đánh giá được mức độ ô nhiễm của nước.
Một cộng đồng thực vật phù du tốt phải có đầy đủ các “phẩm chất” bao gồm sự đa dạng, sinh khối lớn, ít cạnh tranh. Và những điều này phù hợp nhất trong tháng thứ 2 của chu kỳ nuôi tôm thẻ. Lúc vi khuẩn trong ao tăng sinh thì áp lực lại được đặt lên hệ vi sinh vật đường ruột, buộc chúng phải làm việc nhiều hơn, cạnh tranh với những vi khuẩn cơ hội trong ao.
Nghiên cứu cho thấy rằng ao có khối lượng thực vật phù du lớn hơn sẽ tốt hơn các ao có khối lượng thấp. Mật độ thực vật phù du lên đến 220.000 tế bào/ml vẫn cho thấy tác động tích cực. Thực tế trong ao, thực vật phù du thường dao động từ 500.000 đến 1 triệu tế bào/ml. Thành phần loài thực vật phù du càng đa dạng thì càng hạn chế sự phát triển của Vibrio. Tảo cát có hàm lượng protein tốt, nhưng quá dễ chết, vì vậy nên bổ sung thêm tảo lam. Tuy nhiên, không nên cho phép tảo lam chiếm ưu thế, vì nó có thể gây độc cho tôm.
Ở tháng đầu tiên trong chu kỳ nuôi tôm, tuy mật độ thực vật phù du còn thấp nhưng thành phần lại phức tạp nhất và có sự cạnh tranh gay gắt với nhau. Còn khi tôm đã được nuôi đến tháng thứ 3 thì mật độ cộng đồng này lớn hơn, nhưng có vẻ ổn định và cấu trúc lại tương đối đơn giản hơn.
Động vật phù du nói chung là những sinh vật nhỏ, không xương sống, đây là một nguồn dinh dưỡng tuyệt vời với nhiều acid amin thiết yếu cho tôm. Hơn nửa những sinh vật này phản ứng cực nhanh với các tác nhân gây stress môi trường, chúng sẽ là các “nhà máy lọc sinh học” trong việc quản lý ao nuôi. Động vật phù du sẽ có nhiều biến động hơn thực vật trong ao. Điều đó có thể là do sự thích nghi tốt của vi khuẩn ở nhiều môi trường khác nhau, làm cho chúng có thể phân bố rộng rãi. Nhưng cộng đồng thực vật phù du lại mạnh mẽ hơn rất nhiều trước những thay đổi của môi trường.
Trên thực tế, hai cộng đồng này sẽ cạnh tranh trực tiếp về không gian sống chật hẹp và các “nguyên liệu sống” trong ao với nhau. Tuy nhiên, khi cộng đồng thực vật phù du giải phóng “năng lượng” sẽ tạo điều kiện cho động vật phù du phát triển.
Việc mở rộng các mô hình nuôi hiện nay sẽ chịu ảnh hưởng từ chất lượng môi trường, mà vấn đề lớn là sự tích lũy quá nhiều chất dinh dưỡng, hầu hết là do mật độ thả nuôi quá cao và bổ sung quá nhiều thức ăn. Từ đó dẫn đến sự tích lũy cao chất thải hữu cơ trong lớp bùn đáy ao, và tiếp theo đó là sự phát sinh nhiều độc tố ảnh hưởng đến sự phong phú, tăng trưởng, phát triển, sinh sản của cả quần thể động vật phù du và tôm cá trong ao.
Nếu để tự phát triển thì hệ thống thức ăn tự nhiên sẽ không đủ để cung cấp cho việc sử dụng của tôm cá. Vì vậy ngay từ ban đầu, thời điểm xử lý nước khi chưa thả giống, nên bổ sung thức ăn tự nhiên Holotos vào ao nuôi. Holotos chứa nhiều chất dinh dưỡng và khoáng chất để phát triển trứng nước, cộng đồng sinh vật phù du và gây màu nước ao. Ngoài ra, Holotos cũng bao gồm nhiều acid amin và protein cần thiết cho tôm cá. Vì sự quan trọng của thức ăn tự nhiên mà vấn đề xây dựng mật độ ổn định của chúng trong ao là rất quan trọng, đảm bảo cho tôm cá có đủ dinh dưỡng để sử dụng và phát triển tốt trong suốt chu kỳ sống của chúng.
Vitamin thường không bền nhiệt và thời gian bảo quản trong thức ăn vì vậy cần thiết bổ sung vitamin lúc cho tôm ăn