Trong những năm gần đây, chính việc nuôi tôm thâm canh đã làm gia tăng sự bùng phát các vấn đề nghiêm trọng. Bởi vì lượng dinh dưỡng dư thừa và các chất thải hữu cơ sẽ làm tăng độc tính của amoniac và nitrit, giúp một số vi rút và tảo phát triển nhanh hơn. Ở đây đề cập đến hai vấn đề chính ảnh hưởng đến sự phát triển của tôm thẻ trong ao nuôi thâm canh, đó là sự phát triển của tảo lam và nhóm vi khuẩn Vibrio.
Như chúng ta đã biết, trong ao tôm thành phần tảo không phong phú được như trong các thủy vực tự nhiên. Tuy nhiên không vì vậy mà số lượng các loài tảo bị suy giảm. Tảo lam, tảo mắt, tảo giáp là những loại tảo độc hại cho tôm nuôi, thì tảo lục, tảo khuê lại là tảo có lợi rất lớn cho quá trình nuôi
