Khi nuôi tôm cá, hiện nay người ta thường chú trọng vào lượng thức ăn bổ sung mà lại ít quan tâm đến vai trò của các loại thức ăn tự nhiên có sẵn. Trong đó, động vật phù du nói chung là những sinh vật nhỏ, không xương sống, đây là một nguồn dinh dưỡng tuyệt vời với nhiều acid amin thiết yếu cho tôm cá. Hơn nửa những sinh vật này phản ứng nhanh với các tác nhân gây stress môi trường, chúng sẽ là các “nhà máy lọc sinh học” trong việc quản lý ao nuôi.
Bên cạnh đó, thực vật phù du được xem là mắt xích quan trọng trong các hệ sinh thái nuôi thủy sản, nhân tố không thể thiếu để duy trì dòng năng lượng và chu kỳ dinh dưỡng. Trong quá trình nuôi, thức ăn dư thừa, phân của tôm và các chất hữu cơ nhờ vi khuẩn sẽ chuyển hóa thành các chất dinh dưỡng. Và những chất dinh dưỡng này sau đó sẽ được những thực vật phù du trong nước sử dụng, giúp chúng tăng sinh. Đổi lại sự tăng trưởng này, những thực vật đó sẽ làm giảm hàm lượng amoniac và nitrat có thể gây ức chế hệ thống miễn dịch của tôm. Thực vật phù du có thể được xem là một nhân tố quản lý môi trường, nhờ vào mật độ của chúng mà đánh giá được mức độ ô nhiễm của nước.
Suy cho cùng tôm cá vẫn là những loài ăn tạp, ngoài thức ăn công nghiệp được bổ sung từ bên ngoài thì hệ thống thức ăn tự nhiên trong ao là rất quan trọng với chúng, cung cấp nguồn protein phong phú cho việc thúc đẩy sự tăng trưởng. Ví như hệ thống biofloc, thức ăn công nghiệp chỉ được dùng với một mức độ nhất định, trong khi lượng floc được nuôi cấy sẽ vừa là thức ăn và là các nhà máy sinh học xử lý môi trường. Dù trong hệ thống nuôi thâm canh, có bổ sung thức ăn thì tôm cá cũng sẽ tìm kiếm nguồn thức ăn tự nhiên do thói quen và tập tính. Do đó, không thể phủ nhận vai trò của vi tảo và hệ thống động vật phù du đối với chế độ ăn hằng ngày.
Sự phong phú của cộng đồng sinh vật phù du trong môi trường sẽ quyết định phần nào sự tăng trưởng của tôm cá. Nhưng việc mở rộng các mô hình nuôi hiện nay sẽ chịu ảnh hưởng từ chất lượng môi trường, mà vấn đề lớn là sự tích lũy quá nhiều chất dinh dưỡng, hầu hết là do mật độ thả nuôi quá cao và bổ sung quá nhiều thức ăn. Từ đó dẫn đến sự tích lũy cao chất thải hữu cơ trong lớp bùn đáy ao, và tiếp theo đó là sự phát sinh nhiều độc tố ảnh hưởng đến sự phong phú, tăng trưởng, phát triển, sinh sản của cả quần thể động vật phù du và tôm cá trong ao.
Sự thay đổi cấu trúc và chức năng của những sinh vật phù du sẽ liên quan mật thiết đến tôm cá nuôi và mục đích thúc đẩy sự phát triển bền vững của nghề nuôi. Theo thời gian vật nuôi lớn lên, cũng là lúc cộng đồng sinh vật này có xu hướng thay đổi thành phần. Do vi khuẩn là chính là nguồn thức ăn của các động vật phù du, mà hệ vi khuẩn trong môi trường cũng thường biến đổi sau một thời gian. Thức ăn và vi khuẩn sẽ làm xáo trộn thành phần của quần thể động vật phù du và cả thực vật phù du. Nói cách khác, sự thay đổi thành phần thức ăn theo giai đoạn của tôm cá sẽ làm thay đổi thành phần của quần thể sinh vật phù du trong ao.
Lượng chất thải trong ao sẽ tỉ lệ thuận với mật độ thả nuôi và có sự gia tăng số lượng đáng kể khi càng về thời điểm cuối vụ. Sự tích lũy chất hữu cơ quá nhiều sẽ gây ra tình trạng thiếu oxy cho vật nuôi, do có quá nhiều sinh vật (tảo, vi khuẩn…) phải sử dụng oxy cùng một lúc, khi đó nhiều loại khí độc dưới lớp nền đáy sẽ có cơ hội phát sinh. Cùng lúc đó, mật độ động vật phù du lại giảm dần khi lượng oxy hòa tan ngày càng thấp, nhất là khu vực đáy ao. Một điều thú vị là hệ động vật này có thể sẽ cạnh tranh thức ăn đối với tôm cá. Đây lại được coi là một vai trò ý nghĩa khi kích thích sự tranh giành con mồi, làm tôm cá hoạt động mạnh hơn, tiêu thụ thức ăn nhiều hơn và đương nhiên là khỏe mạnh hơn
Nếu để tự phát triển thì hệ thống thức ăn tự nhiên sẽ không đủ để cung cấp cho việc sử dụng của tôm cá. Vì vậy ngay từ ban đầu, thời điểm xử lý nước khi chưa thả giống, nên bổ sung Holotos vào ao nuôi, Holotos chứa nhiều chất dinh dưỡng và khoáng chất để phát triển nguồn thức ăn tự nhiên và gây màu nước ao. Ngoài ra, Holotos cũng bao gồm nhiều acid amin và protein cần thiết cho tôm cá. Vì sự quan trọng của thức ăn tự nhiên mà vấn đề xây dựng mật độ ổn định của chúng trong ao là rất quan trọng, đảm bảo cho tôm cá có đủ dinh dưỡng để sử dụng và phát triển.
Tôm không tổng hợp được Vitamin C nên hoàn toàn lệ thuộc vào thức ăn.