Mùn bã hữu cơ chiếm thị phần lớn nhất dưới đáy ao, khi cho ăn quá nhiều mà tôm không tiêu hóa hết thì thức ăn thừa sẽ rơi xuống và tích tụ tại đây. Ngoài ra còn do xác động, thực vật chết, chất thải của tôm cũng bổ sung một lượng hữu cơ xấu vào lớp bùn này. Hay khi sử dụng hóa chất diệt khuẩn và chất bổ sung như khoáng chất vào môi trường nước với liều quá cao cũng gây nên những sự tích lũy đáng kể. Cộng thêm tảo tàn và các chất thải khác cũng làm lớp mùn bã này dày lên.
Chính sự tích lũy quá nhiều của lớp mùn bã hữu cơ ở đáy ao sẽ dẫn đến việc phát sinh khí độc, ảnh hưởng trực tiếp tới tôm nuôi, làm mất đi một lượng oxy hòa tan đáng kể mà đáng ra phải dành cho sự phát triển của tôm. NH3 sẽ làm bất hoạt các enzyme trong cơ thể tôm, từ đó gây rối loạn các quá trình sinh lý, cản trở tôm hô hấp. NO2 ngăn cản quá trình kết hợp của các tế bào máu và oxy khiến tôm chết ngạt. Nguy hiểm nhất là H2S có mùi rất khó chịu, ức chế hoạt động của những vi sinh vật có lợi, kìm hãm quá trình trao đổi chất, làm máu tôm đen và những khí độc này khi phát sinh trong một thời gian dài sẽ gây hiện tượng tôm chết hàng loạt.
Hệ vi sinh vật đáy ao cũng là một thành phần rất quan trọng, ở đây có cả những vi sinh vật có lợi lẫn có hại gây bệnh cho tôm nuôi. Những vi khuẩn có lợi sẽ phân hủy và sử dụng chất hữu cơ cho các hoạt động sống của chúng, cộng thêm giúp cân bằng các chỉ tiêu chất lượng nước, đảm bảo an toàn sinh học trong nuôi tôm. Tuy nhiên nếu lớp bùn đáy ao quá dày thì những khu vực yếm khí lại là nơi tồn tại của nhiều mầm bệnh nguy hiểm, ảnh hưởng đến sức khỏe tôm.
Như đã nói ở trên, đáy ao là nơi phát sinh và tích tụ nhiều mầm bệnh cũng như khí độc nguy hiểm. Mỗi khí độc khi tích tụ với nồng độ quá cao sẽ gây ra những tác động nhất định đối với tôm. Những vi sinh vật gây hại nếu có mật độ quá cao, lấn át luôn cả những vi sinh có lợi sẽ sử dụng những chất hữu cơ xấu ở đây để tăng sinh phát triển và gây bệnh. Nhiều quá trình oxy hóa cũng diễn ra làm cho đáy ao trở thành môi trường xấu hơn thuận lợi để mầm bệnh tồn tại và gây hại nhiều hơn.
Khi quá nhiều vi sinh vật cùng sinh sống thì chúng phải sử dụng một lượng lớn oxy cho quá trình phân hủy hữu cơ. Do đó, tôm thường lờ đờ, nổi đầu khi đáy ao quá dày, quá dơ do thiếu oxy cho các hoạt động sống. Bên cạnh đó, khi ao nuôi chứa quá nhiều chất hữu cơ sẽ kích thích sự phát triển quá mức của tảo, vừa tiêu tốn một lượng lớn oxy, vừa thúc đẩy sự phát sinh mạnh mẽ của khí độc, làm dơ nước và kích thích mầm bệnh phát triển.
Vì sự tích lũy hữu cơ quá nhiều chính là nguyên nhân gây ra những nguy hiểm cho sức khỏe của tôm nuôi. Cho nên những biện pháp để giảm sự tích tụ chất thải nơi đáy ao là cần thiết để loại bỏ nhiều nguy cơ làm tôm bệnh:
Thứ nhất là trong quá trình cho ăn nên cẩn thận, cho ăn đúng cữ, đúng lượng, hạn chế dư thừa thức ăn đến mức thấp nhất.
Thứ hai là cắt tảo kịp thời, không cho sự nở hoa của tảo xảy ra.
Thứ ba là trong quá trình nuôi cần quạt nước thường xuyên, nhất là những khu vực gốc chết để hạn chế sự lắng tụ hữu cơ xuống đáy ao, định kỳ siphon đáy để loại bỏ bớt mầm bệnh. Sử dụng ZEOramin với công thức kết hợp của Zeolite và Yucca để hấp thu khí độc và làm giá thể cho vi sinh có lợi hoạt động.
Cuối cùng là nên bổ sung thêm hệ vi sinh vật có lợi có trong Sivibac (hoặc Sivibac+ đối với ao bạt) để xử lý đáy ao và phân hủy khí độc, giúp cải thiện và ổn định môi trường nước lâu dài. Ngoài ra còn phát triển nguồn thức ăn tự nhiên và cân bằng sinh học trong ao nuôi tôm.
Tôm không tổng hợp được Vitamin C nên hoàn toàn lệ thuộc vào thức ăn.