Trong ao nuôi tôm, tính đa dạng của tảo thường thấp hơn trong các thủy vực tự nhiên. Khi ao nghèo dinh dưỡng thì thành phần phong phú nhưng số lượng tảo lại ít. Ngược lại, khi ao giàu dinh dưỡng sẽ có một số loài tảo phát triển ưu thế và lấn át các loài tảo còn lại làm mất cân bằng, thành phần tảo sẽ kém phong phú, lúc này dễ xảy ra hiện tượng tảo nở hoa, nguy hiểm nhất khi các loài ưu thế lại là tảo độc.
Các loài tảo trong ao tôm thường bao gồm tảo khuê (tảo silic), tảo lục, tảo giáp, tảo mắt và tảo lam. Những loại tảo này có hình dạng khác nhau, số lượng trong mỗi ao cũng khác nhau. Mỗi loài cũng có đặc điểm riêng và sự ảnh hưởng khác nhau đến sức khỏe tôm nuôi.
Tảo là những loài thực vật có kích thước không lớn, mỗi cá thể tảo được ví như một nhà máy sinh học nhỏ, vào ban ngày tảo sẽ sử dụng ánh sáng mặt trời để thực hiện quá trình quang hợp, lấy khí CO2 trong nước để tổng hợp và thải ra khí O2 cung cấp oxy hòa tan cho tôm nuôi. Đồng thời tảo sẽ hô hấp (ngược lại với quang hợp, lấy O2 để thải ra CO2), tuy nhiên ban ngày quá trình quang hợp mạnh mẽ hơn nên lượng oxy dư để cung cấp cho tôm nuôi. Quang hợp chỉ diễn ra vào ban ngày khi có ánh sáng mặt trời, còn hô hấp có ở cả ngày lẫn đêm. Do đó, vào thời điểm lúc sáng sớm khi đã sử dụng hết lượng oxy cho hô hấp mà chưa quang hợp (chưa có ánh sáng mặt trời) thì lượng oxy hòa tan trong ao đạt giá trị thấp nhất. Ban ngày tảo là nguồn cung cấp oxy tuyệt vời, tuy nhiên ban đêm nhất là rạng sáng cần tăng cường quạt nước cho tôm nuôi, tránh tình trạng thiếu hụt oxy gây hậu quả xấu. Trường hợp xấu nhất, tôm thiếu oxy mà nổi đầu thì sử dụng ngay OC segen để cấp cứu kịp thời.
Tôm thường có xu hướng ăn nhiều thức ăn tự nhiên ở giai đoạn đầu. Hơn nửa tảo là loài có khả năng sử dụng trực tiếp chất vô cơ để tổng hợp chất hữu cơ. Do đó, tảo trong ao nuôi là mắt xích thức ăn rất quan trọng, cung cấp dưỡng chất cần thiết cho tôm nuôi khi mới chuyển đổi từ môi trường ương giống sang ao nuôi thương phẩm. Trước hết vì tảo sẽ là thức ăn phù hợp với cỡ miệng tôm, giải quyết nhu cầu về chất lượng cũng như số lượng thức ăn cho tôm. Trong một số loại tảo có lợi như tảo lục, tảo khuê chứa rất nhiều chất dinh dưỡng như protein, một số vitamin, khoáng vi lượng, EPA, DHA,... là những chất vô cùng cần thiết cho quá trình tăng trưởng và phát triển của tôm.
Trong suốt vụ nuôi các chất thải hữu cơ như: thức ăn thừa, phân tôm, vỏ tôm sau khi lột, xác tảo lắng tụ,… sẽ phân hủy và hình thành nhiều loại khí độc hại như: NH3, NO2, H2S,… có thể khiến tôm chết hàng loạt. Quá trình phân hủy hữu cơ xảy ra nhanh hay chậm còn tùy thuộc một phần vào sự tác động của cường độ ánh sáng, việc quản lý thức ăn, cũng như các bước chăm sóc và cải tạo ao nuôi. Do vậy, việc duy trì được mật độ tảo phát triển tốt, đạt yêu cầu sẽ giúp hình thành màng che phiêu sinh, ngăn cản ánh sáng mặt trời xuyên qua các tầng nước, kìm hãm quá trình phân hủy hữu cơ, ít sản sinh ra khí độc, đồng thời nhờ lớp màng phiêu sinh này mà nhiệt độ trong ao cũng được giữ ổn định hơn.
Tảo trong ao tôm có khả năng hấp thu NH4+ - nguồn nitơ cao trong thủy vực, dùng làm dinh dưỡng cho sự phát triển của chúng. Chính vì vậy mà phần nào cũng giải quyết được nguy cơ khí NH3 sinh ra trong ao nuôi (NH4 và NH3 có thể chuyển hóa qua lại, nhưng NH3 độc hơn dạng NH4+ rất nhiều). Nhưng khi tảo chết lại thải dạng NH3 ra môi trường. Nếu NH3 trong nước quá cao phải sử dụng ZEO ramin để hấp thu khí độc, đồng thời giúp tăng khả năng oxy hòa tan vào nước, ổn định màu nước và giảm lơ lững trong ao.
Để đánh giá sự phát triển của tảo trong ao tôm là có phù hợp hay chưa, người ta dựa vào màu nước. “Nuôi tôm là nuôi nước”, vì vậy giữ được màu nước trong ao nuôi là vô cùng quan trọng. Việc gây màu nước thường diễn ra ở đầu vụ nuôi, trước khi thả tôm, màu nước sẽ được duy trì khi các yếu tố môi trường ổn định. Ngoài tảo trong ao thì màu nước còn cộng thêm sự kết hợp của các phiêu sinh động vật. Hỗn hợp trên sẽ tạo những màu đặc trưng cho ao nuôi. Hai màu xanh nõn chuối và màu nước trà là tốt nhất cho sự phát triển của tôm. Để tạo màu nước, cung cấp nguồn thức ăn tự nhiên cho tôm, vào giai đoạn đầu trước khi thả phải sử dụng Holotos với liều 1kg/2000-4000m3 nước.
Tóm lại việc tảo có mặt trong môi trường nuôi tôm là vô cùng cần thiết. Tuy nhiên tảo trong ao phải được điều chỉnh không quá dày cũng không quá thưa. Tảo mật độ thưa, nước trong, chất thải hữu cơ tầng đáy sẽ phát triển mạnh. Ngược lại tảo quá dày sẽ có nguy cơ thiếu oxy về đêm do hô hấp quá mạnh. Do đó, nên quản lý một cách cẩn thận, và có những biện pháp xử lý phù hợp.
Gan không có dây thần kinh, nên gan bị tổn thương gần như tôm không bị ảnh hưởng đến hoạt động cho đến khi gan hoàn toàn bị hư hại.