Sắt là nguyên tố phổ biến thứ 4 trong vỏ trái đất, sự hiện diện của Sắt trong nước thì rất thấp. Nồng độ Fe trong nước tự nhiên thường không đủ đáp ứng nhu cầu của các loại thủy sinh. Nhưng nếu nồng độ Fe quá cao thì cũng sẽ gây ảnh hưởng đến sự tăng trưởng của tôm và các loài khác. Đối với tôm, Sắt giữ vai trò quan trọng trong quá trình hô hấp, nguyên tố tham gia nhiều quá trình sinh lý trong cơ thể như tạo máu, cấu trúc các enzyme chuyển hóa năng lượng.
Đối với môi trường, Fe hòa tan trong nước chịu ảnh hưởng của pH. Trong nước ngọt, hàm lượng Fe có thể đạt mức 1mg/lit vì có thể hình thành hydroxide hoặc tạo thành phức hợp tan với chất hữu cơ hòa tan (chelate sắt), trong nước biển hàm lượng sắt thường thấp. Với những ao nuôi có hệ thống sục khí hạn chế hoặc có sự phân tầng nhiệt độ, hàm lượng sắt thường tập trung ở đáy ao, khi đó hàm lượng oxy trong ao sẽ suy giảm nhanh chóng. Do tôm sú thường có tập tính đào bới, nên nếu ao nuôi tôm trên vùng đất phèn (sắt trầm tích) sẽ ảnh hưởng đến mang, phụ bộ, sức khỏe tôm và làm giảm giá trị thương phẩm.
Cũng giống như Đồng (Cu) và Kẽm (Zn), Fe cũng là nguyên tố rất quan trọng cho sự phát triển của các động vật sống. Nhưng với nồng độ quá cao, cùng với sự kết hợp của pH và một số chất khác như CO2, O2, chúng sẽ oxy hóa hay khử sắt và làm cho cho sắt tồn tại ở dạng tan hay kết tủa. Ở dạng kết tủa, Fe cũng phát tán độc tính, ảnh hưởng đến một số hoạt động sinh lý trong cơ thể thủy sản, thêm nữa cũng làm cho nước ao nuôi có màu vàng và có mùi tanh rất khó chịu.
Người ta thường ước lượng hàm lượng Fe trong nước bằng các bộ test nhanh chuyên dụng. Tuy nhiên giá trị của việc này không chỉ dừng lại ở vấn đề kim loại Sắt mà còn có thể xem xét mức độ ảnh hưởng của Phèn và cả khí độc H2S. Phèn (FeS2) được tạo thành từ Sắt và hàm lượng cao sunfat (HS-, S2-) dưới đáy ao. Do đó, khi hàm lượng Fe cao sẽ đồng nghĩa với việc Phèn cao, cộng với điều kiện pH thấp (ion H+ có nồng độ cao) và chất hữu cơ lơ lửng quá nhiều ở khu vực yếm khí là cơ hội thuận lợi cho khí H2S phát sinh mạnh mẽ. Với những ao tôm có hàm lượng Sắt cao, khi tháo cạn phơi ao sẽ xuất hiện một lớp đất màu đỏ trên nền đáy.
Phèn trong ao với hàm lượng cao sẽ làm cho tảo khó phát triển nên rất khó gây màu nước. Đất bị phèn có pH thấp, hàm lượng Canxi không cao, ảnh hưởng đến quá trình cân bằng áp suất thẩm thấu của tôm. pH thấp ảnh hưởng đến các yếu tố môi trường như kiềm, khuẩn, tảo,… Từ đó làm cho việc sử dụng các sản phẩm vi sinh hoặc chế phẩm sinh học xử lý nước đáy, bổ sung thức ăn không hiệu quả. Chi phí của vụ nuôi sẽ tăng lên nếu ao bị nhiễm phèn. Đối với tôm nuôi, khi phèn quá cao thì chắc chắn tôm sẽ lột xác không cứng vỏ, ảnh hưởng xấu đến sự hoạt hóa của một số enzyme trong cơ thể tôm. Khi đó, quá trình hô hấp tăng lên làm tôm tốn nhiều năng lượng cho quá trình này. Tôm rất chậm lớn và có màu sắc kém.
Khí độc H2S từ lâu đã được xem như một “sát thủ” đối với tôm nuôi, có mùi trứng thối rất khó chịu. Khi tôm bị khí độc H2S tác động trong một thời gian dài, nguy cơ bệnh đen mang là rất cao, kéo theo đó là hội chứng ốp thân, ăn ít rồi bỏ ăn. Đối với sự phát triển tối ưu của tôm thì nồng độ H2S không được vượt quá 0.03mg/L. Nếu cao hơn mức này, nó không chỉ ảnh hưởng đến tỷ lệ sống của tôm mà còn tác động đến việc nhiễm các mầm bệnh như vi khuẩn, virus. Làm suy thoái các quá trình sinh lý và các hoạt động miễn dịch của tôm.
Như vậy, Fe, Phèn và H2S có liên hệ mật thiết với nhau, tác động qua lại, và gây hại đáng kể cho môi trường ao và cả tôm nuôi.
Vì phèn là thành phần chất đất nên rất khó quản lý và phòng ngừa. Trước khi cấp nước vào ao phải làm sạch nguồn nước, lắp đặt hệ thống nước ra vào hợp lý. Nếu nuôi ở khu vực gần các nhà máy công nghiệp phải hết sức cẩn thận nguồn nước thải từ đó. Với những ao được phát hiện nhiễm sắt, người ta thường bón vôi với hàm lượng 200-400kg/ha. Trước khi cấp nước vào ao cũng nên dùng Fuji EDTA để hấp thụ hết lượng kim loại nặng, hạ phèn, làm mềm nước. Fuji EDTA sẽ tạo phức hợp với các kim loại này và trả chúng về giá trị ổn định. Điều quan trọng là phải kiểm tra thường xuyên chất lượng nước để phát hiện những bất thường xảy ra và xử lý kịp thời để tránh những hậu quả không mong muốn.
Vi sinh cũng là cách xử lý phèn được nhiều người áp dụng hiện nay. Vi sinh có thể oxy hóa được cả phèn sắt, thúc đẩy quá trình chuyển hóa phèn nhanh chóng thành các hợp chất tan được trong nước. Kiểm soát lượng hữu cơ, nhất là điều chỉnh lượng cho ăn hợp lý sẽ có thể giảm bớt phần nào gánh nặng cho đáy ao, nơi sản sinh ra khí H2S. Ở những khu vực đất bị phèn nên hạn chế nuôi, hoặc có biện pháp xử lý phèn triệt để mới thả giống. Đối với những ao có bạt đáy, sử dụng bộ đôi men vi sinh Sivibac+ kết hợp với Yucca digera, hiệu quả hơn trong việc sạch nhớt lâu ngày bám trên bạt và giảm cả mùi hôi trên lớp bùn đáy ao, bổ sung hệ vi sinh vật có lợi và cải thiện môi trường nước nuôi một cách lâu dài. Đáy ao sạch là điều kiện thuận lợi nhất cho sự phát triển của tôm ở mọi giai đoạn.
Các loài tôm hạn chế sử dụng acid amin tổng hợp