Có rất nhiều loài vi khuẩn liên quan đến sự bùng phát dịch bệnh ở tôm. Hầu hết là vi khuẩn cơ hội, đó cũng là biểu hiện của đa số các loài Vibrio. Một số vi khuẩn khác cũng gây bệnh trên tôm là Aeromonas , Pseudomonas , Streptococcus , Bacillus , Photobacterium , Pasteurella và Shewanella,... Nhiều nghiên cứu chứng minh rằng vẫn có nhiều vi khuẩn gây bệnh khác vẫn chưa được xác định. Nhưng hầu hết các vi khuẩn gây bệnh cho tôm đều hoạt động theo cơ hội.
Thạch TCBS là một môi trường để phân lập và chọn lọc các vi khuẩn Vibrio. Cũng không phải tất cả các vi khuẩn Vibrio đều phát triển trên đó, màu khuẩn lạc trên thạch là tiêu chuẩn phân biệt các loài Vibrio khác nhau. Không có mối tương quan nào giữa màu của khuẩn lạc và sự hiện diện của vi khuẩn xấu hoặc khả năng sinh bệnh của chúng, tuy nhiên quan niệm sai lầm này vẫn tồn tại. Nhiều người khẳng định rằng chỉ cần loại bỏ những vi khuẩn có khuẩn lạc xanh trên TCBS, và không cần phải lo lắng về tác động của bất kỳ khuẩn lạc vàng nào vì chúng là lành tính.
Vibrio đóng vai trò rất quan trọng trong quá trình phân hủy kitin. Chitin là phân tử sinh học phong phú thứ hai trong tự nhiên sau cellulose và nó tạo nên thành tế bào của động vật giáp xác, nấm và côn trùng. Ở đâu có kitin trong hệ sinh thái dưới nước sẽ có vi khuẩn Vibrio. Vì chitin là thành phần cấu trúc chính của tất cả các loài giáp xác, nên vi khuẩn Vibrio có liên quan đến sự hiện diện của nó một cách tự nhiên.
Loại bỏ Vibrio sẽ tạo ra các ổ chứa các mầm bệnh tiềm ẩn khác và không có gì đảm bảo rằng những mầm bệnh tiềm ẩn này sẽ không tồi tệ hơn Vibrio. Về bản chất, các nỗ lực giảm tác động của Vibrio nên mang tính chất tổng quát và không nên hướng đến, những loài có khả năng gây bệnh hay chiếm ưu thế.
Dịch bệnh là kết quả của sự tương tác giữa vật nuôi với môi trường và mầm bệnh tiềm ẩn. Trừ khi vi khuẩn Vibrio hiện diện là mầm bệnh bắt buộc và hiện diện ở ngưỡng gây bệnh vật nuôi khỏe mạnh, còn lại các nỗ lực kiểm soát chúng một cách tuyệt đối sẽ không bảo vệ vật nuôi khỏi nhiễm bệnh.
Căng thẳng ở vật nuôi có nhiều dạng khác nhau. Khi tôm và các loài thủy sản nuôi khác bị thiếu oxy, chúng sẽ không thể phục hồi như khi chưa thiếu oxy. Động vật phản ứng theo nhiều cách với căng thẳng, và cách thức phụ thuộc vào tác nhân gây căng thẳng là gì và chúng tồn tại trong bao lâu. Phản ứng tương tự cũng xảy ra khi động vật tiếp xúc với vật liệu độc hại. Ban đầu, vật nuôi chưa bị ảnh hưởng, nhưng sự tiếp xúc này có thể tác động lâu dài đến các điều kiện bên trong của động vật. Nhiều người tin rằng có thể chấp nhận được việc để vật nuôi tiếp xúc với lượng chất độc ở mức thấp: vì không có vật nuôi nào đang chết, nên người nuôi không thấy có vấn đề gì. Nhưng những vật nuôi suy yếu dễ bị nhiễm mầm bệnh cơ hội hơn và ngưỡng gây bệnh của mầm bệnh bắt buộc sẽ thấp hơn.
PCR có thể được sử dụng để theo dõi sự phát triển của mầm bệnh (bắt buộc và cơ hội) trong một quần thể nhạy cảm. Mặc dù kết quả PCR có thể khá hữu ích, nhưng chúng có một thiếu sót nghiêm trọng: khi người ta sàng lọc vật nuôi dựa trên số liệu thống kê (tức là lấy mẫu của một tỷ lệ nhỏ và kiểm tra và kết luận cho những gì đang diễn ra cho toàn bộ), luôn có khả năng mầm bệnh hiện diện và việc sàng lọc đã bỏ sót (âm tính giả).
Xét nghiệm tôm bằng PCR cho kết quả âm tính giả
Ví dụ đối với vi rút gây bệnh đốm trắng (WSSV). Virus này phát triển mạnh ở nhiệt độ thấp. Nếu không kiểm tra vật nuôi được nuôi ở nhiệt độ thấp, bạn sẽ luôn nhận được âm tính giả. Một ví dụ khác là các chủng V. parahaemolyticus mang độc tố PIRa và PIRb [gây ra bệnh hoại tử gan tụy cấp tính, AHPND] và có thể không phát hiện được bằng PCR tiêu chuẩn nếu không làm giàu hoặc khuếch đại. Độc tố có thể xuất hiện, gây tổn thương các mô nhạy cảm, nhưng xét nghiệm PCR lại cho kết quả âm tính. Các mẫu nghi ngờ có vi khuẩn phải được nuôi cấy trong môi trường nuôi cấy từ 12 đến 24 giờ trước khi tiến hành xét nghiệm PCR. Trong nhiều trường hợp, các mẫu ban đầu được phát hiện là âm tính bằng xét nghiệm PCR, cuối cùng có thể cho kết quả dương tính.
Để đạt được thành công liên tục trong việc nuôi tôm là đủ thách thức, nhưng còn khó hơn khi có một lượng lớn thông tin sai lệch được lưu hành rộng rãi như thực tế. Chìa khóa để sản xuất thành công và bền vững là nhìn thấy chúng đúng như thế nào và không cho phép chúng can thiệp vào thực tế.
Mặc dù chắc chắn rằng vi khuẩn Vibrio là nguyên nhân chính gây bùng phát dịch bệnh ở tôm nuôi, nhưng không thể bỏ qua vai trò của các tác nhân gây stress. Người nuôi thường tốn rất nhiều tiền và thời gian để cố gắng kiểm soát vi khuẩn Vibrio trong khi lại bỏ qua các tác nhân gây căng thẳng. Việc chọn lọc di truyền có thể khá hữu ích trong việc tạo ra các dòng tôm có khả năng chịu stress môi trường tốt.
Nhưng cho đến khi người nuôi chấp nhận thực tế rằng giảm căng thẳng có thể ngăn ngừa được các vi khuẩn cơ hội tác động đến tôm nuôi của họ, những vi khuẩn này vẫn tiếp tục gây thiệt hại lớn cho ngành nuôi trồng thủy sản toàn cầu. Việc cố gắng loại bỏ chúng chỉ dẫn đến những thách thức khác.
Các loài giáp xác hạn chế sinh tổng hợp các acid béo HUFA, do đó bổ sung dầu cá trong thức ăn là cần thiết.