Quản lý sinh vật phù du sẽ cân bằng lượng vi khuẩn Vibrio, bao gồm cả Vibrio parahaemolyticus - tác nhân gây bệnh EMS/AHPND (hoại tử gan tụy cấp tính).
Để giảm thiểu chất thải trong các hệ thống nuôi tôm thâm canh, việc nuôi ghép tôm thẻ với những loài cá có khả năng làm sạch môi trường đang là một hướng giải quyết mới mang tính sinh học và an toàn.
Tảo khuê đang thực hiện các ứng dụng đáng kinh ngạc trong nuôi trồng thủy sản và nhiều ngành liên quan khác.
Việc lây truyền EHP cho tôm đến nay vẫn còn rất nhiều ẩn số. Có thể tôm post đã bị nhiễm EHP từ tôm bố mẹ, nhưng sau khi kiểm cho thì tỉ lệ rất thấp. Cũng không thể loại trừ khả năng thức ăn tươi sống của tôm bố mẹ chính là thủ phạm chính. Kiểm tra EHP cho kết quả dương tính ở giun nhiều tơ và Artemia, có thể đây là những ổ dịch tự nhiên lây truyền sang tôm. Nhưng vẫn chưa chứng minh được chúng chỉ là vật nhiễm thụ động hay là vector truyền bệnh.
Sự đa dạng và phong phú hơn về vi sinh vật trong môi trường ruộng lúa sẽ góp phần tăng năng suất và chất lượng cơ thịt của cá.
Bùn và các chất hữu cơ trong đáy ao tôm có thể là nguyên nhân chính gây ra nhiều vấn đề đối với tôm nuôi. Đây sẽ là những cách xử lý hiệu quả nhất.
Nước thải từ nuôi tôm sẽ có tác động đáng kể đến môi trường tự nhiên và cả các ao nuôi lân cận. Nhưng sẽ có cách để giảm thiểu những tác động này.