Đường ruột tôm là một bộ phận quan trọng nhưng lại có cấu tạo rất đơn giản nên dễ mẫn cảm với các vi khuẩn gây bệnh. Nhất là khi các chủng vibrio sp phát triển mạnh do môi trường bị ô nhiễm, thức ăn mà tôm không tiêu hóa được, làm xuất hiện các hiện tượng lỏng ruột, phân trắng hay phân đứt khúc. Để cải thiện hiệu suất làm việc của các enzyme và hệ vi sinh vật có lợi trong đường ruột thì acid hữu cơ kết hợp với thảo dược là một phương pháp tuyệt vời dành cho tôm nuôi thâm canh.
Hệ vi sinh vật đường ruột cũng có thể được coi là một thành phần trong cơ thể tôm, và hơn thế đây là một thành phần vô cùng quan trọng.