Trong quá trình nuôi, thức ăn thừa, phân tôm và các chất thải hữu cơ, nhờ vi khuẩn sẽ chuyển hóa thành các chất dinh dưỡng cho thực vật phù du sử dụng để tăng sinh . Đổi lại, những thực vật này cũng là nguồn thức ăn tự nhiên cho tôm, làm giảm hàm lượng các khí độc amoniac (NH3) và nitrat (NO2) có thể gây ức chế hệ thống miễn dịch của tôm. Hơn nửa, các chất hữu cơ do thực vật phù du sinh ra sẽ tạo điều kiện cho các vi khuẩn có lợi phát triển trong ao. Do đó, thực vật phù du có thể được xem là một nhân tố quản lý môi trường, nhờ vào mật độ của chúng mà sẽ đánh giá được mức độ ô nhiễm của nước.
Mỗi loài thực vật phù du khác nhau cũng đòi hỏi những điều kiện dinh dưỡng khác nhau, để phát triển khỏe mạnh. Cùng với sự tăng trưởng của tôm thì các chỉ tiêu chất lượng nước và điều kiện dinh dưỡng trong ao cũng sẽ thay đổi, điều này làm cho thành phần của cộng đồng thực vật phù du cũng thay đổi theo một cách linh hoạt. Mà tôm thẻ chân trắng là loài nuôi có sản lượng cao nhất trong ngành thủy sản. Do đó người ta bắt đầu khám phá quá trình phát triển trong cộng đồng này, mối quan hệ giữa chúng với môi trường, sự tăng sinh khối và cuối cùng là tiềm năng phát triển của chúng đối với hiệu suất của tôm. Từ đó bổ sung thêm kiến thức về ý nghĩa của hệ sinh thái đối với các mô hình nuôi tôm thâm canh.
Thông qua việc sử dụng công nghệ để phân tích, người ta thấy rằng cấu trúc của cộng đồng thực vật phù du sẽ thay đổi theo thời gian. Trong tháng thứ nhất, tháng thứ 2 và tháng thứ 3 của chu kỳ nuôi là hoàn toàn khác nhau. Ở tháng đầu tiên trong chu kỳ nuôi tôm, tuy mật độ thực vật phù du còn thấp nhưng thành phần lại phức tạp nhất và có sự cạnh tranh gay gắt với nhau. Còn khi tôm đã được nuôi đến tháng thứ 3 thì mật độ cộng đồng này lớn hơn, nhưng có vẻ ổn định và cấu trúc lại tương đối đơn giản hơn.
Những loài đầu tiên hình thành trong cộng đồng thực vật phù du là những loài tiên phong, có khả năng phản ứng nhanh chóng với các bất thường của môi trường. Chúng cũng cung cấp nhiều “nguyên liệu” xử lý môi trường với áp lực cạnh tranh ít hơn so với những loài khác. Một cộng đồng thực vật phù du tốt phải có đầy đủ các “phẩm chất” bao gồm sự đa dạng, sinh khối lớn, ít cạnh tranh. Và những điều này phù hợp nhất trong tháng thứ 2 của chu kỳ nuôi tôm thẻ, lúc vi khuẩn trong ao tăng sinh thì áp lực lại được đặt lên hệ vi sinh vật đường ruột, buộc chúng phải làm việc nhiều hơn, cạnh tranh với những vi khuẩn cơ hội trong ao.
Trên thực tế, chất dinh dưỡng trong những ao nuôi tôm thâm canh rất nhiều thậm chí là quá mức nên sẽ không trở thành yếu tố cản trở sự phát triển của cộng đồng thực vật phù du được. Cấu trúc của cộng đồng này thay đổi được xác định là do các động vật phù du, vì hai cộng đồng này sẽ cạnh tranh trực tiếp về không gian sống chật hẹp và các “nguyên liệu sống” trong ao với nhau. Tuy nhiên, khi cộng đồng thực vật phù du giải phóng “năng lượng” sẽ tạo điều kiện cho động vật phù du phát triển.
Chúng ta đều biết sự phú dưỡng của tảo sẽ làm tôm nuôi giảm tốc độ tăng trưởng hoặc nặng hơn là tử vong. Nguyên nhân chính được giải thích là do phá vỡ sự ổn định của cộng đồng sinh vật, từ đó tạo những “lỗ hổng” cho những loại tảo này phát triển quá mức. Bên cạnh đó, không gian kín của ao nuôi cũng làm một loạt yếu tố môi trường thay đổi cùng lúc trong thời gian dài, cuối cùng dẫn đến sự “bùng nổ” của thực vật. Do đó, sự ổn định của cộng đồng thực vật phù du phải là sự quan tâm hàng đầu trong quá trình nuôi tôm, sự bất ổn của cộng đồng này sẽ gây ra hiện tượng tảo nở hoa và dẫn tới sự phát triển của các mầm bệnh cơ hội cho tôm.
Động vật phù du sẽ có nhiều biến động hơn thực vật trong ao. Điều đó có thể là do sự thích nghi tốt của vi khuẩn ở nhiều môi trường khác nhau, làm cho chúng có thể phân bố rộng rãi. Nhưng cộng đồng thực vật phù du mạnh mẽ hơn rất nhiều trước những thay đổi của môi trường.
Đã có thêm một sự hiểu biết rõ hơn về hệ sinh thái ao nuôi tôm, từ đó những điều chỉnh hợp lý cần được thiết lập hướng tới sự ổn định của toàn hệ thống. Người nuôi cũng cần hoạch định những hướng phát triển tiềm năng, nhằm mục đích tối ưu hóa và phát triển các chiến lược quản lý các nguồn tài nguyên có sẵn trong ao.
Tôm thẻ chân trắng được nuôi trong nước biển, không cần bổ sung calci vào thức ăn.