Khi bão sẽ kèm theo những cơn mưa lớn, dai dẳng. Điều này làm các chỉ tiêu nước bị xáo trộn mạnh mẽ. Trước hết là oxy hòa tan sẽ càng ngày càng giảm sâu nếu mưa cứ kéo dài liên tục. Điều này sẽ kéo theo rất nhiều hệ lụy. Nguồn oxy này ngoài chức năng duy trì sức khỏe tôm còn cung cấp cho các vi khuẩn hiếu khí sử dụng để phân giải các chất thải hữu cơ nơi đáy ao. Ngoài ra tảo trong ao cũng sẽ sử dụng một phần lượng oxy này để phát triển. Nếu thiếu đi một lượng lớn oxy hòa tan, chắc chắn là tôm sẽ bị tác động đến sức khỏe, hành vi và cả sức đề kháng với mầm bệnh. Chất thải hữu cơ không được phân hủy sẽ trở thành nguồn phát sinh khí độc (đặc biệt là H2S). Tảo sẽ tàn và gây độc cho tôm nuôi.
Đối với những ao đất, bờ ao sẽ bị mưa rửa trôi, làm nước ao rất đục và nhiệt độ hạ thấp, sự phân tầng nhiệt độ diễn ra rõ rệt. Tôm vì vậy mà sẽ chỉ tập trung ở tầng đáy, nơi mà khí độc và mầm bệnh tồn tại, gây hại trực tiếp cho chúng. pH nước giảm thấp do nước mưa có tính acid. Ngoài ra khi nước mưa xuống ao quá nhiều, sẽ làm độ mặn trong nước hạ xuống đột ngột, làm biến đổi quá trình thẩm thấu của tôm, tôm rất dễ sốc. Độ mặn giảm còn làm khoáng chất và vitamin trong nước bị hạn chế, tôm không hấp thụ được. Biến đổi nhiều quá trình sinh lý trong cơ thể tôm.
Nếu mưa lớn kéo dài liên tục, thì độ cứng, độ kiềm trong ao cũng giảm theo. Thời tiết càng xấu, mưa lớn càng kéo dài càng làm các thông số môi trường càng biến động nhiều hơn, sức khỏe tôm càng yếu hơn. Tất cả những thay đổi trên sẽ làm chất hữu cơ tích tụ nhiều trong ao, nhất là ở các góc chết. Ngoài ra điều này cũng làm cho địch hại như cá, ốc dễ sinh sản với số lượng lớn, đặc biệt đây cũng là điều kiện thuận lợi cho vi khuẩn có hại phát triển làm tôm nhiễm bệnh.
Khi môi trường ô nhiễm thì dĩ nhiên sức khỏe tôm sẽ suy giảm. Mưa lớn kéo dài, tôm sẽ bỏ ăn, lượng ăn có thể giảm đến 30% và khi mưa lớn liên tục tôm sẽ bỏ ăn hoàn toàn. Sau cùng, tôm chậm lớn và mềm vỏ, dị hình hay bị kích lột xác không hoàn toàn khi chưa hấp thu đủ khoáng chất.
Khi vi khuẩn tăng nhanh mật độ, chúng sẽ thừa cơ hội tôm yếu mà tấn công gây bệnh (nhất là chủng vibrio sp.) , tỷ lệ sống của tôm giảm thấp dần. Cộng thêm việc khí độc phát sinh với độ độc ngày càng tăng cao. Từ đó sẽ ngăn chặn sự vận chuyển oxy trong máu tôm, làm ngưng trệ quá trình hô hấp. Gan tụy tôm, cơ quan hấp thu và bài thải dinh dưỡng trở nên lỏng lẻo, dinh dưỡng được hấp thu kém, tôm dễ stress và sốc.
Hệ miễn dịch của tôm cũng không còn được bảo vệ vững chắc như bình thường. Tôm đã không còn đủ sức chiến đấu khi mầm bệnh xâm nhập. Hoạt động của các enzyme xúc tác những quá trình sinh lý trong cơ thể tôm bị suy giảm. Làm cho quá trình melanin hóa xảy ra, tôm bị đốm đen, sau đó tôm chết dần do nhiễm kép nhiều loại bệnh cùng một lúc.
Kiểm tra nhiệt độ môi trường thường xuyên để điều chỉnh lại lượng thức ăn cho tôm. Khi nhiệt độ chỉ còn 25-26oC, thì phải giảm ít nhất 50% lượng cho ăn so với bình thường. Bắt đầu ngừng cho ăn khi nhiệt độ hạ thấp hơn 24oC. Giai đoạn này tôm không ăn nhiều, nếu cho ăn dư thừa lại làm ao nuôi càng ô nhiễm hơn. Trong các cử ăn nên bổ sung thêm vitamin C complex để tăng cường sức khỏe, chống stress cho tôm. Bổ sung thêm khoáng chất Ryolit vào nước cho cả tôm và hệ vi sinh vật để cả hai cùng linh hoạt hơn, giúp tôm cứng vỏ nhanh hơn sau khi lột xác.
Đối với ao nuôi, phải chú ý chạy quạt thường xuyên khi trời mưa để hạn chế việc phân tầng nước và phân tán đều tôm. Tăng cường thêm số giờ chạy quạt trong ngày và số lượng quạt. Nếu có điều kiện nên trang bị thêm hệ thống cấp oxy đáy, giúp vi khuẩn có lợi hoạt động tốt hơn và hạn chế bớt vi khuẩn gây bệnh.
Bón vôi sau mưa để ổn định pH, độ kiềm và độ cứng cho ao nuôi. Khi kiểm tra thấy mức độ gây hại của khí độc cao nên dùng ZEO ramin để hấp thu bớt khí độc, ổn định môi trường. Ngoài ra sử dụng ZEO ramin còn giúp gia tăng khả năng hòa tan của oxy vào trong nước, làm sạch nước và làm giá thể cho hệ vi sinh vật có lợi phát triển.
Các loài giáp xác hạn chế sinh tổng hợp các acid béo HUFA, do đó bổ sung dầu cá trong thức ăn là cần thiết.