Tình trạng sức khỏe tốt của cá nuôi sẽ góp phần cho việc sử dụng thức ăn hiệu quả, tăng trưởng tốt và cải thiện chất lượng nước trong ao nuôi. Hệ vi sinh vật đường ruột đóng một vai trò quan trọng trong việc điều chỉnh khả năng miễn dịch và duy trì cân bằng nội môi, cũng như sức khỏe và bệnh của cá. Các rối loạn dinh dưỡng, thay đổi sinh lý và suy giảm chức năng miễn dịch đều có liên quan đến sự thay đổi thành phần và sự đa dạng của hệ vi sinh vật đường ruột. Kéo theo đó là ô nhiễm môi trường, căng thẳng, tiếp xúc với kháng sinh, và nhiễm trùng do vi khuẩn. Những yếu tố không mong muốn trên sẽ ảnh hưởng đến sự mất cân bằng hệ vi sinh vật đường ruột. Trong đó, việc sử dụng kháng sinh được coi là một yếu tố bên ngoài gây rối loạn hệ vi sinh vật đường ruột đáng được chú ý trong bài viết này.
Cá trắm cỏ là một loài cá có tầm quan trọng kinh tế đáng kể trong nuôi trồng thủy sản. Đã có nhiều nghiên cứu về hệ vi sinh vật đường ruột cá trắm cỏ trong những năm gần đây. Các nghiên cứu này chủ yếu tập trung vào mối liên hệ của hệ vi sinh vật đường ruột với việc sử dụng probiotic, bệnh đường ruột, chuyển hóa lipid, giai đoạn phát triển và kiểu hình thành khuẩn lạc. Tuy nhiên, chưa có nghiên cứu nào mô tả tác động của kháng sinh đối với hệ vi sinh vật đường ruột của cá trắm cỏ, mặc dù kháng sinh rất thường sử dụng cho loài này.
Thứ nhất là sự thay đổi thành phần hệ vi sinh vật đường ruột. Những loài ưu thế chiếm số lượng lớn đã bị thay thế sao thời gian cá trắm cỏ tiếp xúc với kháng sinh. Tuy nhiên, sự khác biệt trên được các chuyên gia giải thích có thể do cộng hưởng của nhiều yếu tố khác tác động. Đó là khác biệt về khẩu phần ăn, mật độ nuôi, điều kiện nuôi và môi trường địa lý khu vực nuôi.
Thứ 2 là sự thay đổi cấu trúc quần thể vi sinh vật. Một sự khác biệt đáng kể được tìm thấy trong chức năng trao đổi chất và miễn dịch giữa hệ vi sinh vật niêm mạc và màng trong ruột. Fusobacteria, Proteobacteria, Bacteroidetes và Firmicutes là bốn loài chiếm ưu thế nhất trong cả hệ vi sinh vật niêm mạc và trên màng, mặc dù chúng khác nhau về mức độ phong phú. Đặc biệt, Proteobacteria tăng lên đáng kể khi điều trị bằng kháng sinh theo thời gian và nồng độ. Vi khuẩn chiếm ưu thế nhất trong hệ vi sinh vật đường ruột sau 28 tiếp xúc với các nồng độ kháng sinh khác nhau đã thay đổi từ Fusobacteria thành Proteobacteria. Những kết quả này cho thấy rằng việc điều trị bằng kháng sinh cho cá trắm cỏ đã phá vỡ hệ vi sinh vật trong cả niêm mạc và màng ruột.
Tiếp xúc với thuốc kháng sinh làm giảm đáng kể sự phong phú của vi khuẩn Cetobacterium trong thành phần ruột của cá trắm cỏ. Loài này vốn là loài có số lượng nhiều nhất trong niêm mạc ruột của cá này. Sau 28 ngày tiếp xúc với kháng sinh liều cao, Rhodobacter trở thành chi có nhiều nhất trong thành phần ruột, trong khi vi khuẩn Cetobacterium giảm đáng kể. Điều này là do việc điều trị bằng kháng sinh có thể thúc đẩy quá trình oxy hóa biểu mô, tạo điều kiện cho sự phát triển quá mức của vi khuẩn quang dưỡng. Có thể nói sự phong phú của của vi khuẩn Cetobacterium sẽ ảnh hưởng đến sức khỏe cá trắm cỏ.
Thuốc kháng sinh thường được đưa vào thức ăn với liều lượng thấp để thúc đẩy sự tăng trưởng cho cá. Có sự tăng trọng đáng kể khi cá trắm cỏ được cho ăn bổ sung một lượng kháng sinh tương đối nhỏ. Nhưng cá tiếp xúc với nồng độ kháng sinh cao nhất lại không tăng trọng nhiều nhất so với nhóm đối chứng.
Các phác đồ điều trị kháng sinh khác nhau thể hiện các tác động khác nhau đến thành phần và cấu trúc hệ vi sinh vật đường ruột, cũng như các tình trạng viêm ruột, năng suất tăng trưởng và tình trạng sức khỏe của cá trắm cỏ.
Các loài tôm hạn chế sử dụng acid amin tổng hợp